Entre todas las especies que se encuentran ahora mismo en floración destacan dos debido a las altas exigencias que requieren para su cuidado. La primera de ellas es la Encyclia Adenocaula. Se trata de una planta originaria de los estados del Pacífico de México que se caracteriza por tener una flor muy hermosa con colores que van del rosa palo al púrpura. Se trata de una especie muy rara en las colecciones porque no florece fácilmente ya que requiere descansos prolongados y épocas con luz muy intensa, según ha explicado el curator del Orquidario, Manuel Lucas. En este sentido, ha apuntado que se trata de la tercera vez que esta especie florece en España.

La segunda especie que destaca por su rareza es la Euchile Citrina, también orginaria del Pacífico mexicano. Una de sus peculiaridades es que cuando recibe luz solar intensa las hojas y los pseudobulbos se vuelven de color azul. La flor de esta orquídea es de color amarillo y desprende un intenso olor a limón. Lucas ha explicado que la floración de ambas especies es muy complicada ya que son originarias de una zona con un clima muy contrastado. Necesitan frío en invierno y nada de agua y calor en verano y no son especies aptas para aficionados debido a que requieren cuidados muy específicos.

Por otro lado, cabe destacar también la floración de grammatophyllum stapeliiflorum que pertenece al género con las orquídeas más voluminosas del planeta. De hecho algunas especies pueden proporcionar ejemplares que alcanzan varios kilogramos.

Cabe recordar que el Parque Botánico Orquidario alberga especies únicas que raramente pueden contemplarse en Europa. En junio de 2018 floreció el primer ejemplar de ‘Amorphophallus prainii’, una especie procedente del sudeste asiático de la familia de la flor más grande del mundo. Esta especie, que floreció por primera vez en un parque público de España haciéndolo en el Orquidario de Estepona, se caracteriza por su belleza y por un desagradable olor a carne podrida que utiliza para atraer a los insectos que se encargarán de polinizar la flor.